Neokantovska filozofija nastala je iz jednog fundamentalnog uzroka filozofske i znanstvene situacije. Taj uzrok bile su same znanosti koje su zapale u bezizlazne krize. Te krize znanosti bile su zapravo problemi znanstvene obrade tematike koja se zaplela u velike unutrašnje kontroverze i poteskoće. Antinomije u samim znanostima bile su rezultat tadašnjeg stanja u kojem se sama znanosti našla u izvjesnim poteškoćama, jer su novu znanstvenu građu pratili stari metodološki principi. Znanosti, posebno matematičke prirodne znanosti sa mnoštvom nove građe, nisu bile dorasle njenoj obradi bez novih načela i bez novih metodoloških postupaka, a onda su ta metodološka načela i prošireni znanstveni sadržaji postali problem kojima je upravo filozofija dorasla. Neokantovski filozofi nisu samo dobivali svoje prvotne pobude u Kantovoj filozofiji, posebno Kantovoj „Kritici čistoga uma“ koja je ovdje bila pojmljena isključivo kao teorija spoznaje, nego i u samim problemima znanosti te je onda to značilo i stanovitu obnovu pretkantovske filozofije.

Svim neokantovskim skolama zajedničko je naglašavanje uloge mišljenja za spoznavanje na svim sektorima traženja istine. Svijest se više nije poimala naprosto kao rezultat determinacionih faktora svijeta u kojem bi ona imala tek neko sekundarno značenje. Prioritet svijesti već su Descartes pa onda Kant uočili u svim odnosima svijesti i svijeta pa su tako neokantovski filozofi upravo s ovog polazišta krenuli u rješavanje fundamentalnih problema znanosti I filozofije.

Ono što je ovdje značajno je naglašavanje apriornih, formalnih, logičkih elemenata spozanje i neokantovsko mišljenje, da je racionalana spoznaja doista jedina spoznaja. Stoga je ovdje apsolutna logičnost jedina oznaka znanstvenosti, a jedini tip znanosti dat je u egzaktnim matematičkim prirodnim znanostima. Stoga je i objašnjivo što je Cassirer cijeli svoj filozofski napor uglavnom usredotočio na probleme matematike i matematičke prirodne znanosti kao i na probleme tzv. duhovnih znanosti, povijesti posebno, ukoliko ona kao znanost sadrži logičke pretpostavke. Dakako, tu nije samo u pitanju opća historija duha, nego i povijest samih pozitivnih znansoti. Filozofija se pak mora približiti ovom tipu znanosti te je njen posebni zadatak otkriti i ustanoviti apsolutno logičke fundamente u svim primjenama i putovima specijalnih znanosti. Filozofija kao spoznajna teorija mora se obratiti matematici i na njoj izgrađenim znanostima, fizici posebno. Zato je kod Cassirera rečeno, da niti jedna znanost nije povezana s općim problemima spozanje i ni jedna nije imala tako jako i dugotrajno djelovanje na povijesni razvoj spoznajnih probelma kao matematička fizika. Između teoretske fizike i epistemologije postoji ne samo stalan reciprocitet i neprekinuta suradnja, nego i neka vrsta duhovnog zajedništva. Od renesanse nadalje gotovo svi veliki znanstvenici na području istrađživanja prirode imali su visoko mišljenje o toj fundamentalnoj bliskosti. Tako je Cassirer posebno istakao Galileja, jer je ovaj bio vođen novom definicijom znanstvene spoznaje, a filozofsko je poimanje istine otvorilo njime put uspostavljanju nove prirodne znanosti i reformi kozmologije. Filozofija je vezana sa naporima u specijalnim znanostima i matematičkim istraživanjima. Ona pokušava predstavljati njihove rezultate sistematski i zatim kritički ih opravdati. Zato se onda i vjerovalo, da je Kantova „Kritika čistoga uma“ rezultanta ovih specijalno-znanstvenih nastojanja. Ona je naime pokušala utvrditi jedinstvo matematike i filozofije koje postoji od renesanse. Tu činjenicu prema Cassireru dakako ne treba smatrati pukim povijesnim faktom, već shvatiti i objasniti kao nešto nužno i neizbježno. Ova tendencija i nakon Kanta je sačuvana bitno određujući daljnje tokove matematičke fizike i znanosti uopće. Tako od sredine 19. stoljeća zahtjev za refleksivnom kritikom u prirodnim znanostima biva nešto za njih bitnim tako, da već epistemološki radovi Helmholtza predstavljaju ispitivanje izvora spoznaje i to je onaj temeljni filozofski zadatak kojeg niti jedna generacija ne može ‘’nekažnjeno izbjeći’’.

Cijelo vrijeme ovoj je filozofiji svojstveno problematiziranje matematike i matematičkih prirodnih znanosti isto kao što se u matematici traži logički i spoznajno-teoretski element u okviru većih sistemskih radnji i to stoga što se kani upravo ta matematička narav iznači i u samoj filozofiji. Stoga je onda i razumljiv interes za probleme matematike i matematičkih prirodnih znanosti kao i na upućivanje, da je logika kao fundamentalna disciplina filozofije premalo preuzela iz pojmovnog inventara matematike. Razumljivo je da je logika matematike onda identična sa logikom uopće, dok je logika dalje identična sa teorijom spoznaje te onda i sa teoretskom filozofijom. Kao u matematici logika mora izvesti iz zakona mišljenja sav sadržaj i sve predmete spoznaje. Objektivni moment spozanje nikada nije dan, već je on produkt logičkog i matematičkog mišljenja. Spoznaja nije jednostavno kopiranje neke realnosti, već formiranje u svemu što postoji. Taj radikalizam posebno je naglašen kod Cassirera u tvrdnji, da moderna egzaktna fizika ne radi sa kakvim fizikalnim predmetima iz iskustva, već se svi njeni zakoni odnose baš na ono što nikako ne može biti predmetom iskustva. Stoga Cassirer smatra matematiku i fiziku te noviju matematičku kemiju jednim područjem čistih spoznaja.

Nije teško danas procijeniti neposredne veze između ovih stavova neokantovskih filozofa i onog što je kao neslućena novost i mogućnost iznijela suvremena fizika posebno u njenom kvantno-mehaničkom obliku, jer naime dodirnih točaka sigurno ima ukoliko slijedimo Cassirerovo ukazivanje, da egzaktna fizika ne radi sa kakvim fizikalnim predmetima iz iskustva, već da se svi njeni zakoni odnose na ono što ne može biti predmetom iskustva. Naime, ako je kvantna fizika točna tada vrijedi ono najnovije upućivanje von Weisackera, da stvarnost onda nije strogo faktička, već da je tek aproksimacija što je samo drugačije iskazano već od prije od Cassirera formulirana postavka. Istovremeno treba naglasiti, da je Heisenberg prvi rekao, da napredak u atomskoj fizici uzdrmava vjeru u objektivni slijed događanja u prostoru i vremenu i da se fizika nikada neće vratiti na svoja stara stajališta. Tek u ovom svjetlu napretka fizike moguće je pojmiti neokantovski stav, da je predmet filozofije upravo po tome beskonačan, jer on postaje u samom mišljenju te da iskustvo ne daje predmete, već da njih stvara samo mišljenje o tom iskustvu. Tako je tu rečeno, da samo mišljenjem postaju predmeti te da je ono čisto produktivna funkcija koja stvara predmete. Egzistira samo ono što misaono-logički egzistira, a neke druge realističke egzistencije ne može biti.

Ono što znanost označava kao svoje bivstvo i svoj predmet više se ne javlja kao neko apsolutno jednostavno i nerazloživo činjenično stanje, već svaka nova vrsta i svaki novi pravac promatranja otkriva na njemu jedan novi moment. Tako kruti pojam bivstva prelazi tako reći u nešto tekuće u neko opće kretanje pa se jedinstvo bivstva  uopće može zamisliti još samo kao krajnji cilj, a ne kao početak ovoga kretanja. U onoj mjeri u kojoj se ovo jedinstvo ispoljava i probija u svakoj znanosti u njoj izmiče tlo naivoj teoriji odraza spoznaje. Osnovni pojmovi svake znanosti, sredstva kojima ona postavlja svoja pitanja i formulira svoja rješenja više se ne javljaju kao pasivni odrazi jednog datog bivstva, nego kao samostvoreni intelektualni simboli. Naročito je matematičko-fizikalna spoznaja najranije stekla najprecizniju svijest o onom simboličkom karakteru svojih osnovnih sredstava. Hajnrih Herz je u pripremnim razmatranjima koja predstavljaju uvod njegove knjige „Principi mehanike“ najjasnije iskazao novi ideal spoznaje na koji upućuje taj cjelokupni razvoj. Najprečim i najvažnijim zadatkom naše spoznajne prirode on naziva to što nas ono osposobljava za predviđanje budućih događaja i budućeg iskustva, a postupak kojim se ono služi radi izvođenja tog budućeg iz prošloga, sastoji se u tome što mi stvaramo ‘’unutrašnje prividne slike ili simbole’’ vanjskih predmeta koji su takvi, da su misaono nužne posljedice tih simbola, opet uvijek slike prirodno nužnih posljedica neodraženih predmeta. Sistem fizičkih pojmova treba dati pregled povezanosti objektivnih predmeta kao i vrste njihove uzajamne zavisnosti, ali je taj pregled omogućen samo ukoliko ovi pojmovi od samog početka pripadaju jednom određenom jedinstvenom pravcu promatranja spoznaje. Predmet se ne može prikazati kao neka gola posebitost nezavisna od bitnih kategorija spoznaje prirode, već se može predstavljati samo u tim kategorijama koje tek i konstituiraju njegov vlastiti oblik.

S ovim kritičkim uvidom znanost se odriče polaganja prava na neko ‘’neposredno prikazivanje stvarnoga’’. Određenje predmeta spoznaje može nastati uvijek samo posredstvom logike. Stoga različitosti logičkih medija odgovara i različit sklop objekata i predmetnih veza. U sferi prirode fizički se predmet zato ne poklapa apsolutno sa kemijskim, kemijski se ne poklapa apsolutno sa biološkim, jer i fizikalna i kemijska i biološka spoznaja u sebi uključuje jedan poseban aspekt logičnog postavljanja pitanja i sukladno tom aspektu fenomene podvrgavaju specifičnom tumačenju. Znanost označava jedan određeni način poimanja i posredstvom njega ona konstituira vlastitu stranu onog stvarnog.