.
Glavnina suradnje obuhvaća sljedeće programe i aktivnosti:
- NACIONALNI PROGRAM ZA PRISTUPANJE EU - izrada godišnjih programa i praćenje provedbe cjelokupnih aktivnosti MZOŠ-a u procesu napredovanja u zadovoljavanju uvjeta za članstvo u EU. (poglavlje 3.25. ZNANOST I ISTRAŽIVANJE i poglavlje 3.26. OBRAZOVANJE I KULTURA)
- SEDMI OKVIRNI PROGRAM Europske zajednice za istraživanje, tehnološki razvoj i demonstracijske aktivnosti (Seventh Framework Programme): temeljni instrument EU za poticanje istraživanja i tehnološkog razvoja, te povećanje konkurentnosti u svjetskim razmjerima.
- EUREKA: projektna suradnja gospodarskog sektora, razvojno-istraživačkih centara i sveučilišta.
- COST (Co-operation in Science and Technology): suradnja na znanstvenoistraživačkim projektima od općeg interesa radi stvaranja zajedničkih standarda za cijelu Europu uz financiranje na nacionalnoj razini.
- Zajednički istraživački centar Europske komisije (JOINT RESEARCH CENTRE): znanstvena potpora stvaranju, provedbi i vrednovanju politika (policies) Europske unije.
- CARDS/PHARE/IPA (Instrument for Pre-accession Assistance): programi tehničko-financijske pomoći Europske zajednice namijenjeni jačanju institucija kako bi mogle provoditi obveze u procesu pristupanja EU.
- TEMPUS: potpora reformi visokoga obrazovanja sukladno načelima Bolonjskoga procesa. Financira se iz programa PHARE i proračuna RH. Program TEMPUS će biti otvoren RH do punopravnog uključivanja u Program za cjeloživotno učenje.
- ERASMUS MUNDUS: diplomski studiji (Master courses) koje zajednički izvode europska sveučilišta, a financira ih Europska komisija. Strateški cilj MZOŠ-a je pristupanje RH Programu ERASMUS MUNDUS od 2010.
- PROGRAM ZA CJELOŽIVOTNO UČENJE (Lifelong Learning Programme): program Europske zajednice za mobilnost na svim razinama obrazovanja. Preduvjet za punopravno sudjelovanje je akreditacija nacionalne agencije u okviru IPA projekta i plaćanje godišnjeg nacionalnog doprinosa. Strateški cilj MZOŠ-a je pristupanje RH Programu za cjeloživotno učenje od 2010. Pripremne mjere za pristupanje provode se od 2007. te uključuju: osnivanje i postizanje pune operativnosti Agencije za mobilnost i programe EU, te financiranje pilot projekata iz Državnog proračuna.