Nakon što je obznanila te dvije tajne, Gospa je objavila i treću fatimsku tajnu. Lucia ju je zapisala 3. 01. 1944., a Vatikan ju je na engleskom jeziku obznanio tek 26. 06. 2000. Tekst glasi: "Slijeva i malo iznad Naše Gospe, vidjeli smo anđela koji je u lijevoj ruci držao ognjeni mač iz kojega su izbijali plamenovi, izgledajući kao da će zapaliti čitav svijet. No, plamenovi su ugasli u dodiru s blistavim zrakama svjetla koje je Naša Gospa isijavala prema njemu iz svoje desne ruke. Desnom rukom uperenom prema zemlji, anđeo je glasno uzviknuo: 'Pokora, pokora, pokora.' U tom smo trenutku, u beskrajnom svjetlu, koje je bilo Bog (nešto slično odrazu ljudi u ogledalu dok prolaze pokraj njega), vidjeli biskupa u bijeloj halji (pomislili smo da je to Sveti otac). Drugi biskupi, svećenici, klerici, kako muškarci tako i žene, uspinjali su se uz strmu planinu, na čijem je vrhu stajao križ sastavljen od grubo obrađenih panjeva, poput onih hrasta plutnjaka s korom.

Prije nego je stigao do križa, Sveti otac je prošao kroz veliki, napola razrušen grad, dršćući i oklijevajući krenuti dalje, obuzet boli i tugom, molio je za duše umrlih čija je trupla viđao na putu; kada je stigao na vrh planine, kleknuo je pred velik križ i tada ga je skupina vojnika ubila ispalivši na njega metke i strelice. Na isti su način, jedan za drugim, pogibali  drugi biskupi, svećenici, klerici, kako muškarci tako i žene, te brojni laici različitih položaja i ugleda. Ispod krakova križa stajala su dva anđela, a svaki je od njih u svojoj ruci držao jedno kristalno škropilo ispunjeno krvlju mučenika, kojom je prskao duše koje su uzlazile Bogu." Iz opisanog bismo mogli zaključiti da je Bogorodica bila zadovoljna propašću komunizma u Rusiji, radi čega se njezino treće pretkazanje nije ostvarilo. Neki su pretpostavili da je pokušaj atentata na papu Ivana Pavla II. bio dio ispunjenog proročanstva.

Kako su se viđenja nastavljala, antiklerikalna portugalska vlada je u fatimskim događajima vidjela prijeteće žarište preporoda katoličkih religijskih osjećaja, koji su mogli imati političke posljedice. Zaključivši da svećenici ohrabruju djecu da izmišljaju ukazanja, vlada je imenovala okružnog službenika, Arthura d'Oliveiru Santosa, da dokaže da djeca lažu. Santos je stigao u Fatimu 11. 08. i ondje ispitao djecu. Unatoč njegovim prijetnjama, djeca su odbila priznati da su govorila laži u dogovoru s mjesnim svećenicima (Rogo, 1982., str. 226).

Dana 13. 08., kada se svjetina okupila u iščekivanju ukazanja, vladini su službenici odveli Luciu i njezine rođake. Premda djeca nisu bila prisutna na dogovorenome mjestu u dogovoreno vrijeme, ipak su se dogodile neke neobične stvari. Rogo kaže (1982., str. 226): "Svjetina je čula glasnu eksploziju, a u trenutku kada se lik žene trebao pojaviti, nebo je obasjala blistava munja. Sunce se pomračilo, a nebo nad Covom bilo je prekriveno mnoštvom boja. Pokraj hrasta pojavio se bijeli oblak, koji se ondje nakratko zadržao, da bi se potom uzdigao u nebo i brzo odletio dalje."

U međuvremenu, Santos je u Ouremu prisilno ispitivao djecu, koju je potom zadržao u pritvoru (Maria Lucia, 1998., str. 77). Pritom im je prijetio i smrću. Ustvari, Santos je svakome pojedinačno rekao da su ostala djeca ubijena i da će i oni biti ubijeni ne priznaju li da su izmislili fatimska viđenja.

Lucia je rekla (1998., str. 36) da su im čak i nakon toga prijetili da će biti 'živi spaljeni'. Kada su bili zatvoreni u ćelijama, drugi su ih zatvorenici pokušavali uvjeriti da se izbave priznanjem da su lagali. No, u želji da održe obećanje dano Gospi, da nikome neće odati što im je rekla, izjavili su da bi radije umrli. Budući da nije uspio ishoditi nikakva priznanja, Santos je djecu uskoro oslobodio.

Premda djeca nisu stigla u dogovoreno vrijeme na mjesto na kojemu se 13. 08. dogodilo ukazanje, žena im se ponovno objavila 19. 08., dok su čuvali ovce u mjestu Valinhosu. Drugo ukazanje dogodilo se na istome mjestu 13. 09. Tada se ondje okupilo 30.000 ljudi. Oko podneva sunce se pomračilo, a na nebu su se pojavile zvijezde. Osim toga, na drvetu na kojemu se žena obično pojavljivala, vidjeli su svjetlosnu kuglu.

Monsignor John Quareman, vice-general gradića Leirie, rekao je: "Na moje iznenađenje, jasno sam mogao vidjeti svjetlosnu kuglu kako dolazi s istoka prema zapadu, polako i veličanstveno klizeći zrakom ... I moj je prijatelj, srećom, imao istu neočekivanu viziju. Odjednom je ta prekrasna svjetlosna kugla iščezla iz vidokruga." (Rogo, 1982., str. 227). Tom se prilikom s neba spustila i kiša bijelih cvjetnih latica, koje su tajanstveno nestale prije nego li su pale na zemlju.

Konačno, 13. 10. dogodilo se posljednje i najznačajnije viđenje.

Vladini službenici bili su uvjereni da se obećano čudo neće dogoditi, radi čega su odlučili to iskoristiti unaprijed lansirajući veliku propagandnu kampanju za razotkrivanje čitavog fatimskog fenomena (Rogo, 1982., str. 228). Lucia je rekla (1998., str. 177): "Prilično smo rano izašli iz kuće, pretpostavivši da će nas zadržati na putu. Gomila od oko 70.000 ljudi zakrčila je ceste. Kiša je lijevala poput bujice." Među svjetinom su se nalazili crkveni dostojanstvenici, vladini i vojni službenici, kao i izvjestitelji vodećih portugalskih novina. Osim toga, vlada je uz ceste postavila vojsku.

Lucia i njezini rođaci potom su prišli drvetu na kojemu im se gospa obično objavljivala. Okupljenoj je svjetini rekla da zatvore svoje kišobrane i počnu moliti krunicu. Pljusak se pretvorio u sitnu kišu, nakon čega se na nebu pojavila munja, a pred djecom gospa. Predstavila se kao Gospa od krunice i s Lucijom izmijenila par riječi o temama o kojima su razgovarale tijekom prethodnih susreta. Lucia je napisala: "Nakon toga je raširila ruke i usmjerila ih prema Suncu, tako da su reflektirale svjetlost, a kada se počela uspinjati, odraz njezine svjetlosti i dalje se projicirao na Suncu." Tada je Lucia rekla okupljenima da pogledaju Sunce, koje je do tada bilo skriveno iza gustih oblaka (Maria Lucia, 1998., str. 177). Ljudi koji su gledali u tom smjeru, vidjeli su blistav, srebrni disk. Neki istraživači vjeruju da je to bio NLO. Drugi vjeruju da je to proizvelo samo Sunce svojim kretanjem. Blistavi se disk okretao oko svoje osi, izbijajući u svim smjerovima zrake duginih boja. To je trajalo 12 minuta, nakon čega se disk krivudavim kretnjama sjurio prema tlu. Taj je pad bio popraćen drastičnim povećanjem temperature, što je izazvalo paniku među okupljenom svjetinom. Disk je iznenada ponovno uzletio prema nebu. Zaprepaštena svjetina je uočila da se kišom natopljena zemlja, kao i njihova odjeća, osušila pod vrućinom plamena koji je proizveo disk. O tim su događajima izvijestile gotovo sve veće novine, uključujući antiklerikalni list O Seculo. Tijekom 40-ih i 50-ih god. 20. st., u Portugal su dolazili istraživači iz cijeloga svijeta, koji su ispitali većinu preživjelih svjedoka tih događaja i zabilježili njihova svjedočanstva (Walsh, 1947., Haffent, 1961.).