I u biljkama, kao i životinjama, obitavaju duhovi. Kada Tlingit posiječe drvo kako bi izgradio kuću ili brod, prethodno mora iskazati štovanje duhu toga drveta. Čak i stvari koje obično smatramo neživima imaju duhove.

Emmons kaže (1991., str. 288): "Prirodne pojave i neživi predmeti posjeduju nešto što se pod određenim uvjetima manifestira dodirom ili se očituje vidljivim. Duhovi upravljaju vjetrom, virom, grmljavinom, munjom i ledenjakom."

Emmons podrobnije izlaže kako Tlingiti tumače dušu i njezinu povezanost s ljudskim tijelom (1991., str. 288): "Kako objašnjava stari pripadnik plemena Hootz-ah-ta, Tlingiti smatraju da je čovjek sastavljen od tri entiteta:

a.) materijalnog tijela;

b.) duha, vitalne sile posredstvom koje tijelo djeluje tijekom života i koja, napuštajući tijelo, uzrokuje smrt; i

c.) duše, duhovnog elementa koji nije mehanički povezan s tijelom i ujedno je vječan, te prebiva u duhovnoj sferi ili se s vremena na vrijeme vraća kako bi živio u različitim tijelima." Tlingiti poznaju i ideju ljudskog uma, misli i osjećaja, kao svojevrsnog unutarnjeg 'ja' (Emmons, 1991.. str. 289). U svakom slučaju, opisane su predodžbe zapanjujuće slične razlikovanju tijela, uma, životne sile i duše u vedskom kozmološkom obrascu.

Ovisno o načinu smrti pojedinca, postoje 3 vrste zagrobnog života.

Ljudi koji umru od starosti ih bolesti odlaze na nebo. Na drugo nebo odlaze ljudi koji su nasilno poginuli. Ondje postaju svjetla sjevernog neba inazivaju ih ljudima gore. De Laguna govori o mrtvima (1954., str. 191):

"Oni se mogu pojaviti nakon pokopa da pozdrave svoje prijatelje, u drugim  slučajevima mogu prorokovati rat ih nasilnu smrt svog rođaka." Utopljenici  ili ljudi koji se izgube u šumama ostaju na ovoj zemlji i lutaju kao ljudividre.

Tlingiti vjeruju u reinkarnaciju, premda de Laguna primjećuje (1954., str. 191) da, osim reinkarniranog 'ja', naizgled ostaje: "... svojevrstan duh kojega valja nahraniti, i čija se pogubna prisutnost još uvijek povezuje s ostacima trupla ili nečime što je možda još uvijek utjelovljeno u obliku kopnene vidre ili svjetlima sjevernog neba."

Reinkarnirano 'ja' je duša. Emmons veli (1991., str. 368): '"Duša ili 'sjena' (sada 'sablast') nakon smrti putuje u zemlju mrtvih, koje mjesto odgovara određenom načinu smrti pojedinca, i poslije se može reinkarnirati u živu osobu." Tlingiti vjeruju da se duša iz jednog ljudskog tijela može vratiti samo u tijelo drugog čovjeka, i to obično iz iste obitelji ili klana (Emmons, 1991., str. 288). Povratak ljudske duše u obitelj obznanjuje se snovima i madežima. Jedan Tlinglit rekao je Emmonsu (1991., str. 288): "...jedna je žena tijekom trudnoće sanjala svoju [ujnu], ženu visoka roda s višestruko probodenim usnim resicama - što je znak njezina društvenog položaja.

Njezino se dijete rodilo s brojnim ožiljcima i rupama na ušima, što je značilo da se ujnin duh vratio i ušao u dijete." Drugi Tlingit rekao je Emmonsu da se slavni ratnik nakon smrti vratio u tijelu svoga unuka. Taj je ratnik poginuo od ranjavanja puščanim metkom, koji mu je probio lijevi dio prsa i izašao kroz leđa. Njegov je unuk imao dva velika madeža na mjestimaulazne i izlazne rane (Emmons, 1991., str. 288).

Na temelju starijeg izvješća koje je zabilježila de Laguna (1972., str.767-769), Kan (1989., str. 110) pripovijeda priču o Tlingitu imena Askadut, koji se sjećao svoga rođenja. U prošlom je životu umro. Sjećao se da je vidio svoje tijelo tijekom bdijenja koje su organizirali njegovi rođaci u njegovoj kući. Bezuspješno je pokušavao iznova ući u svoje tijelo. Nakon što mu je tijelo poslije kremirano, otputovao je u zemlju mrtvih, koju je nakon određenog vremena napustio. Putujući uz rijeku, ugledao je prikladno stablo koje je raslo na obali. Sjeo je naslonivši se o deblo. Sjedio je tako, 9 dana, nakon čega se obala urušila i on je pao u rijeku. Kan veli (1989., str. 110):

"Nakon toga je vidio svoju sestru koja ga je držala u rukama kao svoje novorođenče."

Glavno božanstvo Tlingita je Yehl, stvoritelj svijeta. Komentirajući stav Tlingita prema njihovu glavnom božanstvu, Frances Knapp i Rheta Louise Childe kažu (1889., str. 153): "On je bio njihov narodni junak, koji je predstavljao ideal mudrosti i lukavstva. Nije bitno što je lijen i proždrljiv, ni što je sve svoje pobjede ishodio prijevarom i lupeštvom. S njihovim poimanjem vrlina ne sukobljava se čak ni činjenica da je bio zloglasni lopov i lažljivac.

Uživaju u njegovoj hladnokrvnoj bestidnosti, mahnitim lakrdijama, neslanim šalama kojima je neprestano zadirkivao druge duhove, i čudesnim načinima na koje je izbjegavao zamke svojih neprijatelja."

Bog rata, Kanukh, rodio se prije Yehla, radi čega su ga njegovi potomci, ratnici Vučje obitelji smatrali nadmoćnijim od Yehlua. Bog Chetl obično je nevidljiv, premda se u vrijeme oluja objavljuje u obliku ptice. Tada mu iz očiju izbijaju munje, a krila mu odzvanjaju poput grmljavine. Njegova sestra Ahgishanakhou prebiva ispod vulkana, gdje na svojim ramenima drži Zemlju, čekajući svoga brata da dođe i oslobodi je te dužnosti. Osim glavnih bogova, Tlingiti su vjerovali i u 3 vrste nižih bogova, koje su zvali Yekh: bogovi zraka (Khikyekh), bogovi zemlje (Tahkiyekh) i bogovi mora (Tekhiyekh). Oni su prilazili ljudskim naseljima prerušeni u ptice ili životinje (Knapp i Childe, 1896., str. 153-154).

Etnolog John Reed Swanton zabilježio je sljedeće (1905., str. 465): "Pripovijedaju se svakojake priče o moćima tih šamana. Tako se govori da je u šamana iz plemena Sitka, u trenutku kada su mu neki američki vojnici naumili odsjeći kosu, ušao tako moćan duh da su se ruke snažnog vojnika koji je držao škare, paralizirale, dok su se ruke ostalih vojnika mlitavo spustile." Kako tvrdi Swanton (1905., str. 466), šamanova moć nakon smrti, obično prelazi na jednog od njegovih nećaka. Šamanov glavni duh obraća mu se neposredno prije smrti, upućujući ga kamo valja prenijeti njegovo tijelo i što njegov klan mora učiniti. Nakon toga bi se pripadnici klana okupili u kući, a šamanov nasljednik bi pozvao duha da uđe. Kada duh uđe, okupljeni bi zapjevali, nakon čega bi novi šaman pao u trans. Nakon njegova buđenja, klan je imao novog šamana.